Analýza SARS-COV-2
SARS-CoV-2 Analysis
Úvod
Na prelome roka 2019-20 zasiahla celý svet pandémia SARS-CoV-2 (coronavírus). Spôsobuje respiračné ochorenie COVID-19. Prvýkrát ho identifikovali v čínskom meste Wu-chan v provincii Chu-pej. Sekvenovaním sa preukázalo, že ide o pozitívny jednoreťazový RNA koronavírus.
Analýza ukazuje 79% so SARS-1, 97% zhodu s netopierími koronavírusmi. Objavili sa hypotézy, že vírus unikol z laboratória (Wu-chan).
Čína najskôr nákazu utajovala, no už v úvode prijala drakonické opatrenia, Uzavrela Wu-chan a nastolila prísny režim. Toto správanie je neštandardné a naznačuje, že mali vedomosti o možnej hrozbe.
Vlny nákazy
Prvá vlna sa dostala skoro do celého sveta behom mesiaca. V úvodnej fáze v EU bolo najviac zasiahnuté Taliansko, kde sa vírus nekontrolovateľne šíril, spôsobil behom krátkeho času kolaps nemocníc. Smrtnosť v prvej vlne bola výrazne vyššia ako v prípade druhej vlny. V každom štáte bola smrtnosť na prvú vlnu vysoká niekde na úrovni až 2-3%. Presne sa to nedá zisť, keďže nepoznáme presne číslo všetkých nakazených.
Rýchlosť šírenia je definovaná základným reprodukčným číslom R0. Toto číslo vyjadruje v priemere koľko osôb infikovaný jedinec nakazí. Pohybuje sa od 2-5. Variabilita R0 je daná hlavne podmienkami pre prenos (napr. počasie, ročné obdobie, mobilita ľudí, zavedené opatrenia).
V SR sme prvú vlnu nepocítili, pretože v úvode pandémie bol strach z vysokej smrtnosti. Z tohto dôvodu vláda prijala lockdown, ktorý exponenciálny rast zastavil. Prijali sa opatrenia, čo stabilizovalo situáciu do prichádzajúceho leta, kde vírus ma zhoršené podmienky na prenos.
Druhá vlna odštartovala u nás koncom leta. No a treba povedať, že sa zavádzali pozvoľné opatrenia, ktoré neboli účinné a behom mesiaca a pol sme sa exponenciálnym rastom dostali na vysoké čísla. V ČR situácia bola ešte horšia, doposiaľ je zlá.
Bezmocnosť a chaos je výstižný popis situácie v posledných týždňoch. V SR sa zahájilo plošné testovanie. Prípravy trvali dva týždne. Testovanie sa vykonalo antigénovými testami, ktoré nie su určené pre plošné testovanie. Zhruba sa dá povedať, že až 30-50% testovaných test neodhalil. Testom však dajú zachytiť iba symptomatickí ľudia. Test nedokáže zachytiť asymptomatických pacientov. V V oboch krajinách, vlastne skoro v celom svete na pár výnimiek sa lockdownu všetci vyhýbali do poslednej chvíle, zaviedli ho až vtedy, keď už im nič iné neostalo. To spôsobilo aj masívne ekonomické straty, vrátane zbytočných úmrtí na covid.
Link: stránka vývoj covid vo svete
Čínsky zázrak
Čo je čínsky zázrak? Testovanie,
trasovanie, sledovanie dodržiavania karantény, pružnosť, lockdowny už na
začiatku (lokálne), nie až keď pandémia exp. rastie, ochrana 3R (rúšky, ruky,
rozostup), využívanie moderných technológii na sledovanie, poslušnosť
obyvateľstva, finančná podpora pri lockdowne.
Celkom v úhrne: rýchle opatrenia, lockdowny sú účinnejšie aj finančne menej náročné ako neistota, strach z budúcnosti, chaos, tápanie v tme, zahlcovanie nemocníc, zbytočné úmrtia, paralýza podnikateľského prostredia (z neistoty v budúcnosti), nejednotnosť opatrení a šikana štátu neefektívnosťou, nejednoznačnosťou (dokedy čiastkové opatrenia budú trvať) , rozvláčne opatrenia, často len kozmetický, nedostatočný efekt na zastavenie pandémie. Tieto silné opatrenia a hlavne pružné majú aj druhotný význam, okamžité zníženie virulencie a teda smrtnosti vírusu.
link: článok
Ekonomický benefit:
Príklad kde neváhali a urobili lockdowny skôr je napr. Austrália. V článku ->link je vysvetlené, že skoré lockdowny zabránia väčším škodám v budúcnosti, aj to, že pokles HDP je daný hlavne neistotou, straty kontroly nad pandémiou. Ľudia viac šetria a menej míňajú.
Teda skoré, silné opatrenia sú aj ekonomicky výhodnejšie. To je 100% správne. No bohužiaľ zvyšok sveta sa riadil presne "Matovičovým prístupom": chaosom a odďaľovaním prísnych opatrení. To svet bude stáť veľa zbytočných úmrtí a ekonomických škôd do konca roka. Čína na začiatku odkázala svetu, že to zvládne a my (zvyšok sveta) to nezvládneme. V dnešnej dobe sa v Číne už aj očkuje vakcínou. Takže prístup v Číne zafungoval.
Tri základné opatrenia
Odstup, rúšky, umývanie rúk.
Tieto základné opatrenia pomáhajú v boji proti koróne. Tieto opatrenia, opatrenia vlád pôsobia tak, že znižujú virulenciu vírusu. V zmysle evolúcie spôsobujú selekciu kmeňov vírusu. V populácii vírusu teda prežijú hlavne také kmene, ktoré spôsobujú menšiu smrtnosť, menej závažný priebeh vírusu. To je dané preto, lebo opatrenia sa snažia vytrasovať ľudí, ktorí vírus prenášajú a následnou izoláciou, karanténou znemožňujú šírenie sa vírusu. Teda najlepšie z toho vyjdú také kmene vírusu, ktoré sú "v utajení". Teda je ich ťažšie detegovať.
Zároveň rúšky, rozostup, ruky spôsobujú, že ľudia sa
nakazia menšou dávkou vírusu. To má potom dopad na slabší priebeh choroby.
Ďalším faktorom je to, že imunitný systém pri menších vírových náložiach si
dokáže vybudovať lepšiu imunitu, aj dlhšiu.
Prečo rúšky fungujú --->link:video
Matematické modelovanie
Vírus sa šíri v uzloch, najväčší podiel na prenose majú superšíritelia. Preto je kľúčové, aby fungovalo trasovanie postavené na moderných technológiách s podporou matematických modelov šírenia. Žiadne jednorazové opatrenie nemôže dlhodobo pomôcť bez toho, aby sme následne nemali pod kontrolou šírenie účinným trasovaním, účinným spôsobom kontroly karantény..
Zdroj na prednášku SR matematika:
Link: video
Umelá inteligencia na pomoc
Výskumníci z Massachusettskej technickej univerzity (MIT) zistili, že aj u ľudí bez príznakov sa nákaza koronavírusom predsa len nejako prejavuje.
Zapojili neurónovú sieť do učenia sa, rozpoznávania zvukových patternov (vzorov) nakazených jedincov.
Zakašlete na mobil a neurónová sieť vyhodnotí váš zvukový záznam. Táto sieť je už natrénovaná na určitej vzorke. Štúdia bola zverejnená 30.9.2020.
Toto je velká nádej pre sledovanie, matematické modelovanie, testovanie, trasovanie. TEDA: pre udržanie vírusu pod kontrolou.
LINK : štúdia MIT
Introduction
At the turn of 2019-20, the SARS-CoV-2 (coronavirus) pandemic hit the entire world. It causes the respiratory disease COVID-19. It was first identified in the Chinese city of Wuhan in Hubei province. Sequencing revealed it to be a positive single-stranded RNA coronavirus.
Analysis shows 79% similarity with SARS-1, 97% similarity with bat coronaviruses. Hypotheses emerged that the virus escaped from a laboratory (Wuhan).
China initially concealed the infection, but early on adopted draconian measures. It closed Wuhan and established a strict regime. This behavior is non-standard and suggests they had knowledge of the potential threat.
Waves of Infection
The first wave reached almost the entire world within a month. In the initial phase in the EU, Italy was most affected, where the virus spread uncontrollably, causing hospital collapse in a short time. Mortality in the first wave was significantly higher than in the second wave. In each country, the mortality rate for the first wave was high, somewhere at the level of up to 2-3%. It cannot be determined exactly since we don't know the precise number of all infected.
The speed of spread is defined by the basic reproduction number R0. This number expresses on average how many people an infected individual will infect. It ranges from 2-5. The variability of R0 is mainly due to transmission conditions (e.g., weather, season, people's mobility, implemented measures).
In Slovakia, we didn't feel the first wave because at the beginning of the pandemic there was fear of high mortality. For this reason, the government implemented a lockdown that stopped exponential growth. Measures were adopted that stabilized the situation until the approaching summer, where the virus has worsened conditions for transmission.
The second wave started with us at the end of summer. It must be said that gradual measures were introduced that were not effective, and within a month and a half, through exponential growth, we reached high numbers. In the Czech Republic, the situation was even worse and is still bad.
Helplessness and chaos is an apt description of the situation in recent weeks. In Slovakia, mass testing was launched. Preparations took two weeks. Testing was performed with antigen tests, which are not intended for mass testing. Roughly speaking, the test failed to detect up to 30-50% of those tested. However, the test can only capture symptomatic people. The test cannot detect asymptomatic patients. In both countries, actually almost everywhere in the world with few exceptions, everyone avoided lockdown until the last moment, implementing it only when they had no other choice. This also caused massive economic losses, including unnecessary COVID deaths.
Link: COVID development worldwide
The Chinese Miracle
What is the Chinese miracle? Testing, tracing, monitoring quarantine compliance, flexibility, lockdowns from the beginning (local), not when the pandemic is growing exponentially, 3R protection (masks, hands, distance), use of modern technologies for monitoring, population obedience, financial support during lockdown.
Overall: rapid measures, lockdowns are more effective and financially less demanding than uncertainty, fear of the future, chaos, groping in the dark, overwhelming hospitals, unnecessary deaths, paralysis of the business environment (from uncertainty about the future), inconsistency of measures and state harassment through inefficiency, ambiguity (how long will partial measures last), drawn-out measures, often only cosmetic, insufficient effect on stopping the pandemic. These strong and mainly flexible measures also have secondary significance, immediate reduction of virulence and thus virus mortality.
Link: article
Economic Benefit:
An example where they didn't hesitate and implemented lockdowns earlier is Australia. The article link explains that early lockdowns prevent greater future damage, and that GDP decline is mainly due to uncertainty and loss of pandemic control. People save more and spend less.
Therefore, early, strong measures are also economically more advantageous. This is 100% correct. Unfortunately, the rest of the world followed exactly the "Matovič approach": chaos and delaying strict measures. This will cost the world many unnecessary deaths and economic damage by the end of the year. China told the world at the beginning that it would manage and we (the rest of the world) would not. Nowadays, vaccination is already taking place in China. So the approach in China worked.
Three Basic Measures
Distance, masks, hand washing.
These basic measures help in the fight against corona. These measures, government measures work by reducing virus virulence. In terms of evolution, they cause selection of virus strains. In the virus population, mainly those strains survive that cause lower mortality, less severe virus progression. This is because measures try to trace people who transmit the virus and subsequent isolation and quarantine prevent virus spread. Therefore, those virus strains that are "in hiding" come out best. That is, they are harder to detect.
At the same time, masks, distance, hands cause people to be infected with a smaller dose of virus. This then has an impact on weaker disease progression. Another factor is that the immune system can build better immunity, even longer-lasting, with smaller viral loads.
Why masks work - link: video
Mathematical Modeling
The virus spreads in clusters, with super-spreaders having the largest share in transmission. Therefore, it's crucial that tracing works, built on modern technologies with support from mathematical models of spread. No one-time measure can help long-term without subsequently having spread under control through effective tracing, effective quarantine control methods.
Source for Slovak mathematician's lecture:
Link: video
Artificial Intelligence to Help
Researchers from the Massachusetts Institute of Technology (MIT) found that even in people without symptoms, coronavirus infection still manifests somehow.
They involved a neural network in learning to recognize sound patterns of infected individuals.
Cough into your phone and the neural network will evaluate your audio recording. This network is already trained on a certain sample. The study was published on September 30, 2020.
This is great hope for monitoring, mathematical modeling, testing, tracing. THAT IS: for keeping the virus under control.
LINK: MIT study